PMO成立的過程中，經常會遇到許多困難。而這些困難將是專案執行的潛在風險。因此，必須事先確認困難，並規劃風險避免的方法，否則PMO的成立將會遇到許多挑戰和挫折。以下說明PMO成立前、中、後最常遇到的困難及影響(參考圖1)。
| 成立前的困難 |
PMO成立前，最常遇到的困難及影響如下：
- 很難提出客觀的效益證明：重要利害關係人對PMO成立效益的認同，主要是根據他們對組織內現有專案管理問題的認知。問題愈嚴重，則PMO成立就愈重要，反之亦然。雖然有許研究證明了PMO成立的效益。但在組織沒有實際PMO成立的經驗和重要利害關係人對專案管理問題的認知不一之下，他們對PMO成立的效益往往抱持懷疑的態度，導致對PMO的成立缺乏具體的承諾和支持。
- 很難整合利害關係人對PMO功能需求的意見：PMO的功能需求和組織權力的分配有密切的關聯。成立PMO將會使專案經理的權力由自主性(autonomous)轉成中央化(centralized)。因此，對一向具有獨立控管權力的專案經理或部門主管來說，意味著其權力將會被削減及自主性將會喪失。從理性的角度來看，專案經理或部門主管也許可以認同PMO的功能需求的必要性，但在內心的感受上，可能就很難接受權力的改變。這也就是為什麼那麼難以整合重要利害關係人對PMO功能需求的意見。
- 很難找到有能力及經驗的專案負責人員：PMO成立的負責人員，基本上需要具有「組織問題分析、商業案例評估及專案管理等的能力」。同時還需要具有「組織發展及變革管理的能力」。除此之外，還需要有「PMO功能需求規劃、專案管理人才訓練、專案管理標準流程建立、專案績效評核辦法建立、專案管理資訊系統建立及專案知識管理系統建立等方面的能力」。然而，在組織中，似乎很難要找到具備以上能力的人才。
- 很難獲得足夠的資源和預算：PMO的成立所需的人力資源通常是由各相關部門來提供。然而部門主管對PMO成立的經常是意見分歧，因此很難讓他們提供足夠的人力資源。除此之外，高層經理對PMO成立的效益也經常抱持懷疑的態度，因而很難讓他們提供足夠的預算。
| 成立中的困難 |
PMO成立中，最常遇到的困難及影響如下：
- 很難進行PMO的功能需求規劃、建置及維護的技術性工作：PMO成立專案團隊經常缺乏足夠的知識、經驗、技術、工具來進行PMO功能需求規劃、建置及維護的技術性工作，這些功能需求主要包含「專案管理人才發展辦法建立、專案管理標準流程建立、專案績效評核辦法建立、專案管理資訊系統建立及專案知識管理系統建立等。」
- 很難有效進行PMO成立的專案管理工作：PMO成立專案團隊經常缺乏足夠的專案管理知識、經驗、技術、工具來進行PMO成立的管理性工作。這些專案管理工作主要包含「專案問題分析、商業案例評估、專案團隊建立、專案計畫、控管及結案等。」
| 成立後的困難 |
PMO成立後，最常遇到的困難及影響如下：
- 很難克服人們對PM組織及流程變革的抗拒：在PMO的功能建立完成後，接著就是將這些功能導入組織中。例如，要求所有的專案團隊必須要向PMO報告、必須遵照標準的專案管理流程來做事、必須填寫規定的文件表單、必須使用指定的專案軟體及資訊系統、及必需接受定期的績效考核及教育訓練等。這些要求往往讓專案人員很難適應，進而產生抗拒的態度和行為，因此導致PMO無法有效推展其功能來產出預期的效益。
- 成立後，很難在短期內有效地呈現具體的效益：PMO成立後至少必須經歷幾個階段後，才能產生初步的效益，包含：「介紹期、抗拒期、接受期、表現期」等。通常最短也要12-18個月的時間才能走完這些階段。但若組織本來的專案管理能力就不好，或是組織內部的部門障礙很多、或是專案團隊的抗拒很大、或是PMO導入的執行效率不佳。那麼時間可能要更長，甚至有可能根本無法走完這些階段。基本上，組織的高層主管都會想要立刻就看到PMO成立的效益，因此，若遲遲無法看到，他們將會對PMO的成立失去信心，進而不再支持PMO的繼續運作。
圖1：PMO成立的困難 |
| (出處：Kris專案管理學院) |
